sebagai seorang kepala pemerintahan, pada seorang presiden melekat hak-hak tertentu, yang disebut dengan hak prerogatif, yang merupakan hak istimewa dari pihak eksekutif tanpa perlu persetujuan dari pihak lain man pun, untuk menjalankan kegiatan tertentu atau memberikan atau tidak memberikan persetujuan tertentu semata-mata jika menurut pertimbangannya sendiri dianggab tepat untuk melakukan, dengan atau tanpa rekomendasi dari pihak lain.'
contoh dari hak prerogatif dari presiden menurut sistem konstitusi Indonesia adalah sebagai berikut:
- kewenangan presiden untuk memberikan grasi, amnesti, abolisi, dan rehabilitasi.
- kewenangan presiden untuk mengangkat dan memberhentikan duta besar dan konsul Indonesia di negara lain
- kewenangan presiden untuk menerima atau menolak duta besar atau konsul dari negara lain.
- kewenangan presiden untuk menyatakan negara dalam keadaan bahaya atau keadaan darurat.
- kewenangan presiden untuk memberikan gelar dan tanda jasa.
- kewenangan presiden untuk membentuk dewan pertimbangan presiden.
seringkali hak prerogatif ini dipakai oleh presiden untuk sekedar melepaskan diri dari belenggu pengawasan terhadapnya oleh lembaga -lembaga negara yang lain dalam sistem pembatasan kekuasaan eksekutif berdasarkan prinsip-prinsip demokrasi dan prinsip checks and balances.